LMI MAG 2 Mars 2020 - Magazine - Page 28
© CNRS / Idris
RETOUR D’EXPÉRIENCE
Supercalculateur
Marc Baaden, directeur du laboratoire de biochimie théorique du CNRS, travaille avec ses équipes
sur la simulation et la visualisation des systèmes biologiques, des calculs très longs. Grâce aux capacités du
calcul intensif, « nous attendons une accélération d’un
facteur 4 avec des résultats obtenus en une semaine au
lieu d’un mois », expose-t-il. Dans ce domaine, 54 % des
demandes concernent ce type de calcul, essentiellement
pour étudier le transport des molécules (nutriments,
hormones, matériel génétique…) qui contiennent des
neurotransmetteurs, et comprendre les simulations.
« Dans notre cas, cela revient à suivre des millions
d’atomes à la trace », indique le directeur de recherche.
« Nous nous servons beaucoup de la visualisation, les
modifications au niveau des molécules peuvent être assez minuscules, nous comptons sur l’approche de l’IA
pour montrer des schémas cachés dans les données. »
Le programme de visualisation moléculaire UnityMol
devrait permettre une exploration plus interactive et
immersive dans les données. « Nous nous attendons à
de nombreuses retombées pour la santé, les chercheurs
sont assez confiants car il y a des précédents », rapporte
Marc Baaden.
Météorologie, des applications
encore axées CPU
« Le calcul intensif est un enjeu majeur pour la modélisation des climats et la compréhension des climats passés
et futurs », indique de son côté la climatologue Sylvie
Joussaume. Directrice de recherche au CNRS et spécialisée dans l’étude des mécanismes des changements
climatiques, elle précise que ces applications utilisent
« essentiellement des CPU ». Pour tirer parti des opportunités apportées par les processeurs graphiques en termes
de performances, de coût énergétique et d’intelligence
artificielle, il faudra porter les codes sur ces architectures,
ce qui n’est pas le cas actuellement pour les applications
Le système comporte deux partitions,
l'une de 1 528 nœuds de calcul et l'autre de
261 nœuds convergés hybrides équipés de CPU
et GPU pour des usages HPC et IA.
liées à l’environnement sauf pour une brique. « L’accompagnement autour de ces codes avec l’aide de l’Idris, dans
le cadre du contrat de progrès, est un enjeu important »,
souligne Sylvie Joussaume. Pour l’instant, outre la brique
de la communauté environnement, cinq autres codes ont
été portés sur GPU, en astrophysique, mécanique des
fluides (deux codes), en chimie, ainsi qu’un code de QCD
en physique théorique, annonce Pierre-François Lavallée,
directeur de l’Idris depuis le 1er janvier. HPE a contribué,
en faisant intervenir des ingénieurs spécialisés, à
préparer ces codes pour qu’ils puissent être utilisés sur
une machine plus puissante.
Pour Marc Baaden, directeur du laboratoire
de biochimie théorique du CNRS, le Jean Zay
permettra d'obtenir une accélération d’un
facteur 4 avec des résultats en une semaine
au lieu d’un mois.
28 / Mars 2020